不同行业受益程度不同
目前，内资上市公司实际执行的所得税税率有33%、15%、0%等3个档次。对今年半年报披露的财务信息统计发现，沪深两市共有680家上市公司的名义所得税率高于25%。此外，新税法取消了内资企业计税工资制度，扩大费用抵扣限额等，直接使得很多上市公司应纳税所得额不同程度的减少。
虽然实施条例让上市公司整体上减少了缴纳所得税的金额，但不同的上市公司受益程度并不一样。蔡大贵认为。取消内资企业计税工资制度，扩大费用抵扣限额等，使高人力成本的金融、高销售费用的酿酒、商贸等上市公司受惠较多。由于银行、饮料、通信、煤炭、钢铁、石化、商贸、房地产等行业的实际税负高于25%，它们将受惠于降低税率。相反，因造纸、电力、有色金属冶炼、交通运输、医药生物、纺织服装、汽车、家电、机械设备、电子元器件等行业税负水平接近甚至低于25%，因而整体上并不能享受两税合并的好处，但行业内实际所得税税率高于25%的部分上市公司也会受益，比如交通运输行业中的高速公路和汽车行业中的商用车龙头上市公司等。
另有直接减免税收优惠
除了税率大幅降低外，还有不少上市公司将直接获得税收优惠。其中，税收优惠幅度最大的是农、林、牧、渔业的上市公司。它们中的不少公司根本不需要缴纳所得税，从事花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物种植及海水养殖、内陆养殖的上市公司也只需减半缴纳。
国务院法制办、财政部、国家税务总局负责人进一步表示，基础设施建设投资和从事公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等项目的所得，将获“三免三减半”的优惠；技术创新和科技进步企业的税收，也将按照不同的比例获得优惠。
《实施条例》自2008年1月1日起施行。1991年6月30日国务院发布的《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》和1994年2月4日财政部发布的《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》同时废止。
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